27 czerwca 1991 roku pierwsze odziały Jugosłowiańskiej Armii Ludowej przekroczyły granicę Słowenii. Już w 1990 roku Słoweńcy zaczęli gromadzić broń. Aby udramatyzować swe dążenia niepodległościowe i zyskać współczucie zagranicznej opinii publicznej,  celowo sprowokowali armią jugosłowiańską. Doszło do walk Sił Obrony Kraju z regularnymi oddziałami wojska. Serbowie chcieli opanować lotnisko w Ljublanie, ale silny opór pokrzyżował im plany. Belgrad nie spodziewał się jednak tak silnego oporu ze strony Słowenii i sądził, że zwykła manifestacja siły wystarczy, aby Słoweńcy spuścili z tonu. Jako, że w grę nie wchodziły żadne roszczenia terytorialne ani problemy mniejszości narodowych, rząd jugosłowiański przystał na rozejm, który został zawarty 7 lipca w obecności przywódców Unii Europejskiej. W ramach tak zwanej Deklaracji z Brioni Słowenia miała wstrzymać się z dalszymi ruchami przez trzy miesiące, aż do czasu uznania jej przez kraje Unii Europejskiej. Wojna trwała tylko 10 dni i kosztowała życie 66 osób. Zakończono ją 10 lipca. Ku powszechnemu zdumieniu Belgrad ogłosił, że w ciągu trzech miesięcy wycofa swoje wojska ze Słowenii, co rzeczywiście uczynił 25 października. W drugiej połowie grudnia Słowenia uchwaliła nową konstytucję, a 15 stycznia 1992 roku została oficjalnie uznana przez Unię Europejską. 22 maja 1992 roku Słowenia została sto siedemdziesiątym szóstym członkiem Organizacji Narodów Zjednoczonych.
     Chorwacja znacznie dłużej musiała walczyć o swą pełną niezależność. Do pierwszych walk doszło już w maju 1991 roku. Drugiego maja dwóch chorwackich policjantów wpadło w zasadzkę pod wsią Borovo Selo. Jeszcze tego samego dnia 15 innych funkcjonariuszy postanowiło ich odbić.  Wszyscy zginęli. W lipcu 1991 roku armia federalna uderzyła. Doszło do krwawych walk (pomiędzy etnicznymi Serbami i Chorwatami) o miasta Mirkovca, Erdut, Struga (60 kilometrów na południe od Zagrzebia), Dalj, Gospic, Knin, Krusevo. W przypadku ostatnich trzech miast, zaatakowano je od strony morza (wysadzono desanty). Serbowie kontrolowali znaczny obszar Slawonii; uciekło z niej około 100 tysięcy Chorwatów.
      27 sierpnia 1991 roku obydwie strony zerwały rozmowy na temat zawieszenia broni. Do 1 września przez Chorwację przetoczyła się fala krwawych bitw. Etniczni Serbowie i siły federalne wznowiły ostrzał Vukovaru, zaatakowano Osijek i inne miasta w Slawonii. 29 sierpnia serbskie siły zdobyły miejscowość Benicanci (wschodnia Chorwacja), gdzie znajdowały się szyby naftowe.  Zaopatrzenie armii serbskiej w materiały pędne i paliwo wysiadało; na stacjach benzynowych racjonowano benzynę i oleje pędne. Tego samego dnia niemieckie banki zamroziły jugosłowiański aktywa w bankach; rząd RFN jednocześnie udzielił poręczeń kredytowych Słowenii i Chorwacji.  31 sierpnia 1991 roku armia jugosłowiańska znalazła 13 ton amunicji i broni w samolocie pasażerskim (lecącym do Zagrzebia) linii lotniczej Air Uganda. Do 15 września zagrzebskie lotnisko było kilkakrotnie ostrzeliwane.
      Tymczasem zdawało się, że można osiągnąć porozumienie. Drugiego września przywódcy Jugosławii zatwierdziło (głosami 7-1) plan pokojowy Wspólnoty Europejskiej. Podpisanie tego porozumienia (12 września)  zostało poprzedzone całonocnymi negocjacjami Serbów z holenderskim ministrem spraw zagranicznych Hansem Van den Broekem. Prezydent Serbii Slobodan Milosević podpisał porozumienie dopiero, gdy EWG zagroziło Serbii sankcjami politycznymi i ekonomicznymi.
      Po krótkiej przerwie znowu zaczęto bombardować Vukovar i Osijek. W wyniku ofensywy zdobyto miejscowość Petrinja w centralnej Chorwacji. Trwały walki o miasta: Sisak i Sibenik. 4 września serbska armia zablokowała magistralę kolejową, łączącą Zagrzeb z Slawonią. Już ponad 20% terytorium kontrolowała armia jugosłowiańska. 22 września Serbowie odmówili dostarczania wody, żywności i elektryczności do 4 obleganych miast. Wielkim zaskoczeniem była decyzja dowódcy 32 Korpusu Armijnego, stacjonującego w Varażdin. Cała jednostka oddała się do dyspozycji władz chorwackich, pod warunkiem że 120 czołgów (głównie T-55)  zostanie zamienionych w bojowe zbiorniki paliwa. 23 października zostało wznowione oblężenie Dubrovnika; miasto zostało zablokowane od strony morza i lądu. Wznowiono także blokadę chorwackiego wybrzeża. Nieco wcześniej prezydent Tudjman wydał zgodę na zorganizowanie regularnej armii, składającej się z ochotników (6 października). 8 października przedstawiciel EWG Dirk-Jan van Houten, minister obrony Chorwacji Gojko Susak i generał Andrija Raseta – delegat dowództwa sił federalnych w Chorwacji podpisali sześciopunktowe porozumienie pokojowe (mediatorem był właśnie van Houten); głównym założenie: Chorwaci mieli odstąpić od oblężenia garnizonów, a w zamian Serbowie mili wycofać się z republiki. Nadzór sprawowało EWG.
      Na początku października 1991 roku ruszyła kolejna ofensywa. Zaatakowano miasta:  Zadar i Karlovac. Serbowie zablokowali kilka dróg i opanowali most w miejscowości Maslenica – do Zagrzebia było niewiele ponad 35 kilometrów. Lotnictwo JNA (armii jugosłowiańskiej) zbombardowało 7 października siedzibę izby niższej (Izbę Województw - Županijski Dom) i izby wyższej (Izbę Przedstawicieli - Zastupnički Dom) parlamentu oraz Pałac Prezydencki. W odpowiedzi deputowani następnego dnia formalnie ogłosili niezależność Republiki Chorwacji. Według oficjalnych danych MCK na Węgrzech, w obozach dla uchodźców znalazło się 30 tysięcy uchodźców, którzy uciekli ze Slawonii. Pod wpływem międzynarodowych nacisków 31 października  marynarka SFRJ zezwoliła flotylli prywatnych statków (z żywnością i lekami) zawijać do portu Dubrovnik. Pięć dni później wznowiony został ostrzał miasta.  5 listopada, pierwszy raz od wybuchu wojny artyleria chorwacka ostrzelała serbskie miasto - Sid; w wyniku ostrzału zginęły cztery osoby. 8 listopada EWG nałożyło sankcje ekonomiczne na SFRJ. Jednocześnie Rada Ministrów Spraw Zagranicznych przedstawiła plan pokojowy. Jugosławia miała przekształcić się w luźną konfederację republik, ze swoimi własnymi tradycjami i obyczajami. Każda republika gwarantowałaby prawa mniejszościom etnicznym. Serbia odrzuciła te propozycje, gdyż spowodowałoby to rozpad federacji. Z kolei w Chorwacji „wojownicze” partie zgodziły się na oficjalną mediację 12 państw Wspólnoty Europejskiej.  Na wniosek USA Rada Bezpieczeństwa Organizacja Narodów Zjednoczonych embargo na wwóz do Jugosławii paliwa. Tego samego dnia Japonia zawiesiła pomoc techniczną i ekonomiczną dla SFRJ. 9 listopada z Dubrovnika wyjechali pierwsi europejscy obserwatorzy. Według oficjalnego komunikatu rządu chorwackiego z 13 listopada, sytuacja obrońców  w Vukovarze i Dubrovniku była krytyczna. Tego samego dnia włoska policja zatrzymała w Wenecji siedmiu włoskich biznesmenów, którzy przemycili do Chorwacji broń wartą około 4 milionów USD.
      Wszystkie strony konfliktu zgodziły się na obecność sił ONZ, dopóki nie zostanie osiągnięte porozumienie – 14 listopada 1991 roku. Z tego powodu marynarka jugosłowiańska pozwoliła na ewakuację 2000 ludzi z Dubrovnika (głównie kobiety i dzieci).  Negocjacje prowadzone przez holenderskiego ministra spraw zagranicznych, Dirka-Jana van Houten, nie doprowadziły do zaprzestania walk. 16 listopada Serbowie ruszyli do generalnego szturmu na Vukovar. Następnego dnia miasto poddało się. Przez 86 dni około 1000 chorwackich ochotników i żołnierzy broniło się przed parokrotnie liczniejszymi siłami serbskimi. Ocenia się, że około 80% mieszkańców uciekło, a ponad 5 tysięcy zginęło. Vukovar zniszczono w około 90 procentach.
       W dniach 17 – 21 listopada wysłannik ONZ, Cyrus Vance jeździł z Belgradu do Zagrzebia, aby zorganizować szczyt obu prezydentów w Genewie.  18 listopada ministrowie spraw zagranicznych i obrony EWG podjęli decyzję o wysłaniu okrętów wojennych na Morze Adriatyckie w celu ochrony statków z uchodźcami w tzw. humanitarnych korytarzach. Według urzędników ONZ, jugosłowiańskie okręty wojenne miały strzelać do statków przewożących uchodźców. Od 22 listopada Chorwaci zaczęli oblężenie kilku federalnych baz wojskowych. Z kolei armia federalna w dniach 22 – 25 listopada rozpoczęła ostrzał dwóch miast położonych blisko Vukovaru - Osijek i Vinkovci. Serbscy nacjonaliści zaczęli przygotowywać się do przesiedlenia 20 000 serbskich uciekinierów z Chorwacji na tereny zamieszkiwane przez Chorwatów we wschodniej Baranji i w okolicach Vukovaru. Miejscowi Serbowie utworzyli także lokalny rząd.
      23 listopada w Genewie obydwie strony parafowały porozumienie o zawieszeniu broni. W Jugosławii stacjonować miały siły pokojowe. Niestety, również te porozumienie zostało złamane.  29 listopada armia chorwacka pozwala Serbom ewakuować sprzęt z koszar położonych blisko Zagrzebia. W odpowiedzi marynarka jugosłowiańska wznowiła blokadę wszystkich adriatyckich portów (bez Dubrovnika). Dzień wcześniej EWG cofa sankcje nałożone na wszystkie jugosłowiańskie  republiki, oprócz Serbii i Czarnogóry. Prezydent SFRJ, Chorwat Stipe Mesic, 5 grudnia poddał się do dymisji.
      Od połowy grudnia Serbscy nacjonaliści organizowali na „wyzwolonych” terenach lokalne rządy. 5 grudnia powstał rząd Krajiny. Nieco później powstał rząd serbskiej „Prowincji Slawonia, Baranja i Zachodni Srem”. Serbska armia wznowiła 6 grudni ostrzał miast Dubrovnik i Osijek. W Dubrovniku, ostrzał zniszczył 56% budynków (w tym 650 historycznych). 6 grudnia USA nakłada sankcje gospodarcze. Zniesione zostały wolnocłowe taryfy dla jugosłowiańskich towarów. 11 grudnia świat obiegła elektryzująca wiadomość: serbski premier Dragutin Zelenović poddał się do dymisji, co doprowadziło do wzrostu niezadowolenia społeczeństwa w Serbii. Cztery dni później Rada Bezpieczeństwa ONZ jednomyślnie zdecydowała o wysłaniu obserwatorów w rejony, gdzie toczono najbardziej zacięte walki. Z kolei ministrowie spraw zagranicznych EWG 17 grudnia zgadzają się na uznanie Słowenii i Chorwacji, lecz dopiero 15 stycznia 1992 roku. Niemcy skłonni byli wcześniej uznać oba te państwa, ale Francja, Wielka Brytania oraz USA były temu przeciwne, gdyż mogło to spowodować rozjątrzenie konfliktu. Pierwszym państwem, które uznało Słowenię i Chorwację, była Islandia. Dokonała tego 19 grudnia 1991 roku; Niemcy uznały je dwie godziny później.
  23 grudnia Federalna Skupisztna nadaje Krajinie niezależność i większością głosów udzielił votum zaufania nowemu rządowi. Premierem został Radoman Bozovic. Tego samego dnia Chorwacja wprowadziła własną walutę. W dniach 26 - 30 grudnia serbskie siły federalne zaatakowały przemysłowe miasto Karlovac (położone około 30 kilometrów na południowy – zachód od Zagrzebia) i wznowiły ostrzał miasta Osijek. Co najmniej 11 ludzie zginęło a setki zostało rannych w Karlovacu, gdy miasto było bombardowana przez artylerię i jugosłowiańskie lotnictwo wojskowe.  31 grudnia rząd Jugosławii, po spotkaniu z wysłannikiem ONZ – u, zgodził się przyjąć plan pokojowy Vanca.
      Plan przewidywał rozmieszczenie na kontrolowanych przez Serbów obszarach Chorwacji i na ich obrzeżach sił ONZ –
UNPROFOR. Miały one nadzorować zawieszenie broni, doprowadzić do wycofania się i/lub rozbrojenia sił wojskowych spoza Chorwacji, przywrócenia administracji cywilnej i umożliwienia powrotu ponad 250 tysięcy chorwackich uchodźców. Mandat UNPROFOR miał być przedłużany co sześć miesięcy. Rząd Chorwacji, po spotkaniu z Vancem 2 stycznia 1992 roku, zaaprobował jego plan. 4 stycznia prezydent Serbskiej Republiki Krajiny,  Mediolanu Babic, stwierdził że „ żaden z żołnierzy ONZ – u nie stanie na naszej ziemi i nie rozbroi naszych żołnierzy, dopóki Chorwatów nie rozbroi się”.
      7 stycznia 1992 roku jugosłowiańskie lotnictwo wojskowe strąciło nad Chorwacją helikopter, na pokładzie którego znajdowało się pięciu belgijskich obserwatorów EWG. Katastrofa miała miejsce w pobliżu miasta Varażdin. Federalne
ministerstwo obrony obiecało wszcząć śledztwo. Następnego dnia Rada Bezpieczeństwa postanowiła wysłać do Chorwacji zespół obserwatorów. 13 stycznia Watykan uznał Słowenię i Chorwację, a dwa dni później Wspólnota Europejska oraz kilka krajów europejskich (Austria, Węgry, Norwegia, Polska, Szwajcaria oraz Bułgaria). Niemcy także nawiązały stosunki dyplomatyczne z tymi dwoma państwami. 14 stycznia 1992 roku do Zagrzebia przybyli pierwsi europejscy obserwatorzy. Dwa dni później obserwatorzy ONZ wysłali do Waszyngtonu poufne sprawozdanie, w którym stwierdzają, że wojska federalne i serbscy partyzanci celowo prowadzili kampanię okrucieństw, plądrując i niszcząc wszystkie zdobyte miasta i wsie.  Z kolei 23 stycznia Komitet Helsiński w swoim sprawozdaniu oskarżył armię serbską o zamordowanie ok. 700 cywilów i nielegalne przetrzymywanie ok. 5 000 cywilów. Następnego dnia jugosłowiańskie ministerstwo obrony poinformował o wymordowaniu 24  i porwaniu 150 serbskich mieszkańców wsi Gospić (koniec października 1991).
      Prezydent Krajiny, Mediolan Babic 30 stycznia ponowił swoje żądanie: dopóki armia chorwacka nie zostanie rozbrojona, żaden żołnierz sił ONZ nie będą stacjonować w Krajinie. Po przeszło 30 godzinnych negocjacjach z rządem Jugosławii Babic ustąpił. 3 lutego oskarżył rząd SFRJ o zdradę interesów narodowych.  6 lutego obserwatorzy zrelacjonowali potyczkę, która miała miejsce 30 stycznia w pobliżu miasta Zadar (zginęło trójka serbskich żołnierzy).
Prezydent Franjo Tudjman w wywiadzie dla chorwackiej telewizji 8 lutego stwierdził, że siły ONZ powinny stacjonować dłużej niż jeden rok.
      Grupa serbskich polityków 16 lutego zaproponowała, aby prezydentem Krajiny został Mediolanu Martić, współpracownik Slobodana Milosevicia. Parlament Krajiny nie zgodził się i 22 lutego Babinic został ponownie wybrany na głowę państwa; Martić został szefem MSW.  27 lutego 1992 roku Milosević w oficjalnym przymówieniu stwierdził, iż koniec wojny w Chorwacji jest „wielkim sukcesem serbskiej polityki”.

      Zdawałoby się, że wojna na Bałkanach ostatecznie skończyła się. Niestety, nad Bośnią i Hercegowiną zawisły ciemne chmury....